1.发票审核与管理。相对营业税发票的审核与管理来说，增值税专用发票审核更严格，管理更复杂，相对的处罚力度也更大。针对增值税发票的管理，刑法对发票的销售与使用均有相关的违法处罚规定。这是因为“营改增”政策下，增值税专用发票涉及到该经济行为的所有环节，与销项税与进项税均有关联。因为其严格性特殊性，对于大型的综合性医院来说，想要被划分为小规模纳税人，更应该对医院的增值税发票进行规范，通过合理的规范使用增值税发票与其他票据范围，并注意应税时间与地点，避免集中应税。         

    2.会计的核算工作。营业税的核算相对简单，一般为“营业税金及附加”“应交税费—应交营业税”等内容，而增值税核算则扩增了9项内容[#]。而且随着“营改增”政策的实施，应税额是销项额减去进项额，且销项税额与进项税额均以应交税金来核算，因此增值税的核算明显更加复杂，工作难度也增加。同时，“营改增”的实施对医院其他财务管理工作也带来了更多的挑战，增加了医院税务风险。