土地增值税的扣除主要部分是房地产开发成本，即17号文规定的六项成本组成部分，并规定房地产开发企业的该部分可以加计20%扣除。可以主要采取措施如下:         

    1.人防部分目前的规定能够全额扣除，要单独对该部分从勘察、设计、施工、监理、设备、测绘、竣工结算等各方面加强管理，形成地下人防完整扣除资料，用于申报扣除项目，该部分能够加计20%扣除。对于地下人防成本归集时，应严格按照国家和省市规定的分配方法，如建筑面积法、可售面积法等进行分配。

    2.针对项目分期(区)建设，但非经营性公建配套部分(物业用房、居委会、活动室、便利店、早点铺等)集中于某一区，要做到按照建筑面积在分期各区之间进行分摊非经营性公建，避免该非经营性公建在某一区扣除，而在其他区无法扣除，导致其他区增值率提高。

    3.实践中，土地增值清算以实际的发票或票据进行归集，及时取得项目涉及的发票、土地出让金票据(省级)等就非常重要，因此在签订项目实施的各类合同中应当将取得发票条款明确列不，确保土增扣除项目的应扣尽扣。

    4.实践中，土地增值清算一般按照“三分法”进行实际清算，从源头上(房型设计时)增加普通住宅的比率，即控制单套大于销售面积在144平方米以下住宅套数，合理调整售价，在增值率低于20%时，也能适用土地增值税的免税优惠或适当降低税负。